申请民用无人驾驶航空器运营合格证的过程涉及以下步骤：

了解申请条件。申请人需要具备独立法人资格或完全民事行为能力的个人；拥有与所从事的无人驾驶航空器运营活动相适应的技术人员、设备和场地；拥有完善的安全管理制度、飞行操作规程和应急预案；符合我国民用航空局规定的其他条件。

准备申请材料。包括但不限于企业法人营业执照、个人身份证明、技术人员资质证明、无人机驾驶证、无人机型号和数量、操作人员资质证明、安全保障措施、运营计划等。

提交申请。向所在地民用航空局或无人机管理机构提交申请材料。

审查和评估。民用航空局或无人机管理机构会对申请材料进行审查，可能包括对无人机的性能、安全性、合规性等方面的评估。

培训和考试。申请人可能需要根据受理通知书要求，参加民用航空局组织的无人驾驶航空器运营合格证书培训和考试。

领取证书。审核和考试合格后，民用航空局或无人机管理机构会向申请人颁发无人驾驶航空器运营合格证书。

此外，还可以通过特定的在线系统进行申请，如UOM系统，该系统要求用户填写相关信息和上传所需文件。确保在申请过程中提供真实、准确的信息，并遵循相关法律法规和政策。