申办民用无人驾驶航空器运营合格证的流程一般包括以下步骤：

确定申请条件：了解所需的资质、培训要求等。

参加培训课程：完成相关法规、技术和操作方面的培训。

准备申请材料：可能包括个人或企业信息、飞行器资料、培训证书等。

填写申请表格：按照要求如实填写申请表格。

提交申请：将申请材料提交给相关部门或机构。

审核申请：审核机构会对申请进行审查。

现场审查（如有）：可能会进行现场核查，以确认运营条件和安全措施。

考试或测试：可能需要通过理论和实操考试。

等待审批结果：审批过程可能需要一定时间。

领取合格证：如果申请获批，领取民用无人驾驶航空器运营合格证。

定期复审：根据规定，定期进行复审以维持合格证的有效性。
在整个流程中，申请人需严格遵守相关法规和要求，并确保提供真实准确的信息。不同地区的具体流程和要求可能会有所差异，建议在申请前详细了解当地的规定。