北京市特定类民用无人驾驶航空器运营合格证的申请流程：

准备阶段
首先，申请人需要对自身情况进行全面评估，确保符合申请的基本条件。这包括拥有符合要求的民用无人驾驶航空器、具备专业的操作人员、建立完善的安全管理体系等。同时，要收集整理相关的证明材料，如航空器的技术资料、操作人员的资质证书、企业的营业执照等。此外，还需制定详细的运营计划和安全预案，为后续申请做好充分准备。

申请提交
将准备好的申请材料按照规定的要求进行整理和装订，然后通过指定的渠道进行提交。在提交申请时，要确保材料的完整性和准确性，避免出现遗漏或错误。提交后，要密切关注申请的受理情况，及时与相关方面进行沟通和协调。

审核与评估
申请提交后，相关人员会对申请材料进行详细审核，包括对申请人的资质、设备状况、安全管理等方面进行全面评估。审核过程中可能会进行现场检查或要求申请人提供进一步的说明和补充材料。申请人要积极配合审核工作，及时回应审核方的要求和问题。审核通过后，将进入下一阶段；如果审核不通过，申请人需要根据反馈意见进行整改和完善，然后重新提交申请。

整个申请流程需要申请人认真对待，严格按照要求和步骤进行操作。在申请过程中，要不断提升自身的管理水平和技术能力，以确保能够顺利获得北京市特定类民用无人驾驶航空器运营合格证，为合法、安全、高效地开展运营活动奠定基础。