企业申请民用无人驾驶航空器运营合格证，通常需要准备以下资料：

企业法人营业执照：确保其在有效期内。

企业章程：明确企业的组织结构和运营规则。

法定代表人身份证明：如身份证、护照等。

无人机相关资料：

无人机的型号、技术参数等信息。

无人机的注册证明。

操作人员资质证明：包括相应的飞行执照等。

运营管理制度：涵盖飞行操作规程、安全保障措施等。

场地使用证明：若有固定的飞行场地。

保险凭证：提供有效的飞行保险文件。

申请表格：按要求填写完整的申请表格。

其他可能需要的材料：根据当地管理部门的要求提供。