民用无人驾驶航空器运营合格证的申请流程如下：

准备材料：根据申请的类型和地区要求，准备相关的材料，如企业营业执照、身份证明、无人机注册证明、飞行保险凭证等。

登录平台：登录 UOM 民用无人驾驶航空器管理平台，填写申请表格并上传相关资料。

缴纳费用：缴纳合格证办理费用。

等待审核：等待发证机关审核申请材料，审核时间可能因地区而异。