民用无人驾驶航空器运营合格证的申报流程大致如下：

准备阶段：明确申报要求，收集相关材料。

申请注册：在指定平台或部门进行注册。

填写信息：按照要求准确填写申请表及相关信息。

上传资料：将准备好的材料逐一上传。

缴纳费用：根据规定缴纳相应的费用。

审核等待：耐心等待审核结果。

整改完善：如有需要，根据审核意见进行整改。

领取证书：审核通过后，按规定领取运营合格证。

需要注意的是，具体流程可能因地区和管理部门有所差异，在申报前务必仔细了解当地的具体规定和要求。