申请民用无人驾驶航空器运营合格证需要按照以下步骤进行：

准备所需材料，包括但不限于身份证明、无人机注册证明、飞行保险凭证等。

登录UOM民用无人驾驶航空器管理平台，填写申请表格，上传相关资料。

缴纳合格证办理费用。

需要注意的是，不同地区的具体申请流程和要求可能会有所不同，建议在申请前仔细阅读当地的相关规定和指南。同时，申请过程中需要确保提供的材料真实有效，并遵守相关法律法规。