民用无人驾驶航空器运营合格证可通过以下步骤进行申报：

准备材料：根据要求，准备好相关的申报材料，如身份证明、无人机注册证明、飞行保险凭证、运营者证明材料等。

注册账号：在通用航空管理系统中注册账号并登录。

填写信息：填写企业的基本信息，包括企业名称、地址、法定代表人等。

上传资料：将准备好的材料逐一上传至系统。

缴纳费用：根据规定缴纳相应的费用。

审核等待：耐心等待审核结果，如有需要，根据审核意见进行整改。

领取证书：审核通过后，按规定领取运营合格证。

具体的申报流程和要求可能因地区和管理部门而有所不同。